Mapa de estaciones de control de aguas superficiales clasificadas en función de su concentración máxima de nitratos. 

Existen amplias zonas de la Península Ibérica donde la contaminación por nitratos está generando situaciones de especial gravedad como es el caso de varias comarcas de la Comunidad de Cataluña (Maresme, Alt y Baix Empurdà, Osma, Segarra y Noguera). En estas comarcas catalanas la contaminación por nitratos aparece asociada al notable incremento que ha tenido lugar en los últimos años en la producción de residuos ganaderos procedentes de granjas porcinas (a excepción del Maresme donde se asocia a la aplicación de fertilizantes). Esta contaminación afecta a numerosos municipios en algunos de los cuales se han llegado a superar los 400 mg/l como es el caso de Vilanova de Meià  ( 429 mg/l) ó los 300 mg/l superados por las localidades de  Subirats (349 mg/l), Tremp (307 mg/l) y Vilanova i la Geltrú (309 mg/l). Otras localidades con concentraciones de nitratos muy por encima de los 50 mg/l  permitidos (Directiva 91/676/CEE, traspuesta a la legislación española a través del Real Decreto 261/1996) son: Sant Guim de Freixenet (210 mg/l), Cambrils (169 mg/l) o Vilamacolum (151 mg/l) (La Vanguardia, 15 de abril de 2002; El País, 15 de febrero de 2001; La Vanguardia, 13 de febrero de 2001; La Vanguardia, 10 de noviembre de 2000). 

En la Comunidad Valenciana la contaminación por nitratos también constituye un importante problema (El País, 7 de febrero de 2001). En los acuíferos de las dos cuencas principales que riegan esta comunidad (Júcar y Segura) la concentración por nitratos procedentes de fertilizantes agrícolas se ha incrementado notablemente, especialmente en las zonas de mayor actividad agrícola y donde se realizan determinadas prácticas de abonado (El País, 28 de julio de 2001). No obstante, según el Ministerio de Medio Ambiente en el año 2001, la situación en la cuenca del Segura es mejor que en la cuenca del Júcar, a pesar de que este  río ha sido   sancionado por la Comisión Europea debido a la gran contaminación que tiene asociada a vertidos agrícolas, industriales y urbanos, sobre la que destaca la contaminación por nitratos (La Verdad, 10 de abril de 2001). En ese año, según el Ministerio de Medio Ambiente, en la cuenca del Segura solamente 3 acuíferos superaban los 50 mg/l mientras que en el Júcar eran 6 los que sobrepasaban los valores límites (El País, 7 de febrero de 2001). No obstante, existen extensas áreas en la desembocadura del Júcar donde se superaron los 100 mg/l, llegándose a crear en algunos momentos situaciones alarmantes como fue el caso del río Vinalopo (Alicante) en el año 1994 (El País, 3 de marzo de 1994). También en algunos municipios de la comarca de la Plana Baixa (Castellón) (Onda, Alcora, Ribesalbes, Vila-real y Nules) en el año 2000 se detectaron niveles de nitratos superiores a  los 50 mg/l  recomendados. En este caso se atribuían estos altos valores al uso de abonos nitrogenados, pero también a la industria dedicada a la fabricación de azulejos presente en la zona y en cuya elaboración se utilizan importantes cantidades de nitratos muy concentrados (El País, 11 de agosto de 2000). 

Mapa de estaciones de control de aguas subterráneas clasificadas en función de su concentración máxima de nitratos